Los mecanismos moleculares compartidos y divergentes que subyacen a la adaptación del músculo esquelético a diferentes modalidades de ejercicio no se comprenden completamente. Este estudio tuvo como objetivo comparar las respuestas fisiológicas y transcriptómicas a 12 semanas de entrenamiento concurrente (CET), de resistencia (RES) o de resistencia (END) en hombres sanos. Si bien todos los grupos mostraron aumentos similares en la masa corporal magra, RES y END provocaron distintas mejoras funcionales en la fuerza máxima y la capacidad aeróbica, respectivamente. En particular, CET conservó ganancias de fuerza comparables a RES pero mostró una mejora atenuada en la potencia anaeróbica. Los análisis transcriptómicos revelaron firmas tanto comunes como específicas de la modalidad. Aunque el número de genes expresados ​​diferencialmente varió entre los grupos (CET: 392; RES: 17; END: 49), los análisis de enriquecimiento identificaron consistentemente la participación de las vías de organización de la matriz extracelular (ECM). El análisis de enriquecimiento del conjunto de genes demostró además una activación universal de la remodelación de la ECM y una inhibición de los procesos de iniciación de la traducción posteriores al entrenamiento. La red ponderada de coexpresión de genes e interacción proteína-proteína analiza genes centrales identificados asociados con cada modalidad, incluidos COL1A1/COL1A2 para CET y END, y SPARC/ASPN para RES. Las predicciones de la red reguladora implicaron a la familia miR-29 y a JUN como posibles correguladores de genes relacionados con el colágeno. En conclusión, este análisis integrado establece la remodelación de la MEC como una respuesta transcripcional fundamental que respalda la hipertrofia inducida por el ejercicio común a diversas modalidades de entrenamiento, al tiempo que identifica distintas redes reguladoras de genes que subyacen a sus resultados funcionales divergentes.